Среди паркового массива и окружающих небольших одноэтажных строений, выделяющиеся на этом фоне дворец и церковь являлись заметным ориентиром для вражеских самолетов. Поэтому музею пришлось, прежде всего, заниматься маскировкой дворца.
Здание было условно разбито на несколько ассиметричных частей. Центральная часть была окрашена в густо-стальной цвет, правое крыло - в черный цвет, левое крыло, путем разбивки черными четырехугольниками в виде окон, стало выглядеть как обычный жилой дом. Правая часть Проходной галереи к Гостиному флигелю была окрашена в белый цвет, вся лепнина была окрашена раствором грязи с известью. Камуфляжу также подверглась крыша дворца и крыша Останкинской церкви. В ночное время, когда чаще всего происходили налеты, дворец производил впечатление нескольких разрозненных строений.